Apskaitos katedra įkurta 1999 metais, pertvarkius Finansų ir apskaitos katedrą į du savarankiškus padalinius – Finansų katedrą ir Apskaitos katedrą. Apskaitos katedros vedėjai:
- Dr. Vytautas Boguslauskas (1999-2001)
- Dr. Česlovas Christauskas (2001 01-2001 11)
- Dr. Romas Stačiokas (2001-2005)
- Dr. Vytautas Boguslauskas (2005-2011)
- Dr. Loreta Valančienė (2011-2014)
- Dr. Lina Dagilienė (2014-2016)
- Dr. Alfreda Šapkauskienė (2016-2017)
- Dr. Lina Dagilienė (2017)